蒙古族醫藥是在長期的醫療實踐中逐漸形成與發展起來的傳統醫學，其歷史悠久，內容豐富，是蒙古族同疾病作斗爭的經驗總結和智慧結晶，也是一門具有鮮明民族特色、地域特點的醫學科學。它不僅有著豐富的醫療實踐，而且具有獨特的理論體系和診療經驗。

1、早在12世紀以前，蒙古族人民就發明和運用了許多適合地區特點的醫療方法。13世紀初，成吉思汗統一了蒙古各部后，隨著社會經濟文化的發展，在原有的醫療經驗上逐步形成了具有初步基礎理論與實踐經驗的古代蒙醫藥。后來又吸收了藏醫、漢族傳統醫學和古代印度醫學的基礎理論和醫療經驗，發展成為獨具特色的醫學理論體系。

2、蒙醫藥是蒙古族豐富文化遺產的一部分，也是祖國醫學的重要組成部分。蒙醫以“三根”學說為主要理論基礎（三根--赫依、希拉、巴達干），同時還包括陰陽五行、五元學說、七素及六基癥學說。蒙醫治病方法，除藥物治療以外，還有傳統的灸療、針刺、正骨、冷熱敷、馬奶酒療法、飲食療法、正腦術、藥浴、天然溫泉療法等。 

3、13世紀初，成吉思汗統一了遼闊的大漠南北各部落，建立了蒙古帝國，蒙古社會進入了新的歷史發展階段。隨蒙古帝國的興起和強大，同國內各兄弟民族，特別是同漢、藏族之間的往來更加密切，與印度、阿拉伯和歐洲等國家的通商及文化交流也隨之開始，蒙古族經濟、文化得到了全面發展，蒙醫傳統療法及臨證用藥、理論、實踐等諸方面得到了進一步的發展與提高。

4、17世紀以后，蒙醫學家將藏醫、印度醫學的理論與蒙古傳統醫藥結合起來，編撰了大量的蒙醫藥著作，為蒙醫藥的發展奠定了理論基礎。18世紀，蒙醫學家伊希巴拉珠爾在《甘露匯集》中首次提出了“六種基本病癥”理論（赫依、希拉、巴達干、血液、希拉烏素、粘蟲）等蒙醫獨特的“六基癥”理論，補充和發展了《四部醫典》的內容。元代飲膳太醫、蒙古族營養學家忽思慧，用漢文編著了《飲膳正要》一書，內容豐富，圖文并茂，記載了大量的蒙古族飲食衛生及飲食療法、各種食物、有關驗方和營養學方面的內容，此書成為我國最早的營養學專著，生活在草原、森林地區的蒙古人對草藥的知識掌握比較多，隨著他們與國內兄弟民族和阿拉伯、印度以及歐洲國家之間的經濟、文化交流的不斷發展，不僅推動了社會的進步，同時也推動了中外醫藥學知識方面的聯系和交流，內地和國外的藥物也不斷傳入到蒙古地區，特別是西域人（泛指新疆和阿拉伯地區）的藥物大量進入蒙古地區，1292年元統治者在今內蒙古錫林郭勒盟正蘭旗所建的避署行宮設立了“回回藥物院”。1576年后，藏醫經典著作隨西藏黃教傳到蒙古地區。古印度大藏經《甘珠爾》、《丹珠爾》于17世紀被譯成蒙文，其中包括古代印度“阿輸吠陀”（Ayur.Veda）醫學巨著。這些醫著在蒙醫的發展史上發揮了重要作用。　　據史料記載：從13世紀到17世紀初，廣大蒙古地區出現了不少民間醫療方法及方藥，如酸馬奶療法，瑟必素療法（蒙古語，即用牛羊等動物胃內反芻物做熱敷的一種熱置療法），礦泉療法，灸療法，拔火罐療法，正骨療法，飲食療法以及民間用藥方法是是這個時期的產物。　　蒙古灸療術是在熱置療法的基礎上發展起來的。蒙古族使用灸療法較早。藏醫《四部醫典》中就有“蒙古灸療”的記載。中醫《內經·異法方宜論》中也提到：“北方者，天地所閉藏之地也。其地高陵居，風寒冰冽。其民樂野處而乳食。藏寒生滿病，其治宜灸。故灸者，亦從北方來。”所指“北方”，雖然沒有直接指明是內蒙古地區，但據當時所說的“北方”和“其民樂野處而乳食”。顯然是包括內蒙古地區和蒙古民族的祖先居住的地方。

5、蒙醫外傷治療與正骨法，據史書記載，形成較早。由于古代蒙古族從事畜牧業和狩獵業，經常發生戰爭，在騎馬、射箭、摔跤中經常發生跌傷。骨折、脫臼、腦震蕩等創傷。因此，他們積累了豐富的正骨及治傷經驗，并對于各種兵器刀劍創傷也總結了不少醫療方法，在《蒙古秘史》中就有這方面的記載。　　蒙古族飲食療法也屬于蒙醫的傳統療法之一。蒙古族人民中流傳著這樣一句民間諺語：“病之始，始于食不消；藥之源，源于百煎水。”諸如奶食、肉食、骨湯之類，只要食用適當，都可以起到滋補、強身、防病、治病的作用。這是古代蒙古人從長期的生活實踐中總結出來的飲食療法的前身，在《蒙古秘史》中也有這方面的記載。　　在藥物學方面，蒙醫藥家們創造了適合于本地區實際情況的獨特的配制法和用藥法等。同時還吸收了西藏。印度等地區和兄弟民族的藥物學理論知識，使自己的藥物學理論不斷完善和發展。在17～18世紀涌現出很多著名的藥物學家、方劑學家和蒙藥著作。如伊希巴拉珠爾撰寫的《認藥白晶藥鑒》一書就是內容比較豐富的蒙藥學著作；18世紀藥物學家羅布桑蘇勒和木撰寫了《認藥學》四部書，即《珠寶、土、石類認藥學》《木、湯、滋補類認藥學》《草類認藥學》《鹽、灰、動物類認藥學》，主要闡述了藥物的形態，為認藥、采藥和研究藥物提供了依據。這一時期還有官布扎布編著的《藥方》，是以蒙藥驗方為主，兼收印度、漢、藏、回等藥方的一部書。19世紀，蒙藥學家占布拉道爾吉撰寫的《蒙藥正典》，是一部蒙藥學經典，書中分別以蒙文、藏文名詞并列對照，還附有579幅圖。蒙醫藥家敏如爾·占布拉卻吉丹桑璞仁來所著的《方海》則是一部完整的蒙藥方劑學經典。　　蒙醫診斷學是以《四部醫典》為理論依據，問、望、切三診為主的診斷學。18世紀羅布桑蘇勒和木寫的《脈診概要》和伊希巴拉珠爾寫的《甘露之泉》等書中闡述了“切脈、檢尿、問診、憑經驗診察，舍取診察”等五種診察法，19世紀，蒙醫學家羅布桑卻配勒編著的《蒙醫藥選編》是一部以臨床各科疾病的診治為主，包括基礎理論、藥物、術療等內容的綜合性醫著。20世紀，蒙醫學家吉格木德丹金扎木蘇編著的《觀者之喜》，主要介紹診斷知識，并論述了單味藥的性能及臨床各科疾病常用的驗方等。19世紀末，蒙醫學家伊希丹金旺吉拉編著的《珊瑚驗方》一書，以臨床各科疾病的診治為主并吸收了藥物炮制法。以上醫著，對疾病的診斷，均有專章論述。

6、蒙醫教育方面：古時蒙醫教育主要由祖傳或者師帶徒的方式繼承。到17世紀以后，隨西藏黃教的傳布，蒙古各地興建寺廟，在較大的寺廟里設立了“曼巴札倉”的蒙醫學校，如遼寧省阜新縣蒙古勒金格根廟的曼巴札倉，內蒙古伊克昭盟鄂托克旗阿爾巴斯山的曼巴札倉等，都是清代較早成立的醫藥學校。“曼巴札倉”雖然隸屬于寺廟，且有佛學教育的形式，但也是醫學教育的基地。“曼巴札倉”有組織有系統的蒙醫藥學教育，為蒙醫藥學的繼承發展起到了積極作用。近代著名蒙醫學家多數出自“曼巴札倉”。

以上內容使蒙醫藥學日趨完善，發展成了具有游牧民族醫藥特點和地域特點的近代蒙古醫藥，為保障人民的健康及蒙古民族的繁衍生息做出了貢獻。